SYS_FAN практически всегда занят, к нему подключен корпусной вентилятор. 

А если SYS_FAN свободен, то вряд ли от него дотянутся провода кулера видеокарты.

Да, но зачем резать провода? Можно просто подключить кулер к разъему для системного охлаждения (sys_fan) и связать его обороты с датчиком температуры видеокарты при помощи SpeedFan или аналогичных программ.

Сделал я видеокарту, подобрал кулер zalman zm-f1 plus корпусный 80 мм, ток потребления меньше, чем у штатного. Прикрутил кулер винтами на пластмассовый кожух системы охлаждения предварительно просверлив его (чтобы не нарушать затею разработчиков с потоками воздуха). Т.к. если просто прикрутить сразу на радиатор, то не будут обдуваться некоторые элементы! Не стал бороться за эстетику и использовать силикон/прокладки или черную липкую ленту и щели заклеил скотчем, хотя они были и так очень малы. На этом кулере диапазон оборотов 1500 оборотов/мин ± 15% - 2500 оборотов/мин ± 10% (когда ставил через msi afterburner 100% мощность, выдало около 2700-2800). В комплекте с ним идут резинки вместо винтов крепления (поставил их на другой кулер корпуса) и переходник с резистором rc56 для уменьшения оборотов. Вот из него (переходника) и штекера от старого кулера я пытался сделать другой переходник (но изоляция на проводах переходника плохая, легко плавится, а паяльник 40 Вт и я успешно испортил изоляцию, да и само гнездо 3pin, потом). Затем я стянул со старой платы дискетника или винта 4pin гнездо нужного формфактора (приблизительно) и из кусочка макетки, старого штекера кулера видеокарты и этого 4pin гнезда все-таки соорудил то, что нужно. Кулер работает и управляется. Тестил в furmark, но не долго, разогревало до 78 градусов, но я не стал дальше ждать (не было времени), хотя кулер уже должен был переключиться где-то с 60% на 80% своей мощности. Дальше просто погоняю в играх, посмотрю, как там будет греться и когда придет термопаста (заказал), заменю, а то сейчас нанес КПТ-8, да еще и старую (года 3-4 ей). В общем, суть в том, что работает, управляется и дешевле, чем качественный штатный кулер, ну, а остальное надо тестить.

Вольты вольтами, а стандартный кулер, например GT440 потребляет 0,25А. Корпусный 80мм, который у меня под рукой - 0,3А. Это превышение тока по цепи питания кулера на 20%. Значит условному элементу может потребоватсья рассеивать +IU=0.05*12=0,6Вт. А 0,6 Вт это не мало для SMD, да и для многих ИМС.

Но надо подробнее знать, как управляется куллер. Этого я не знаю. Для ШИМ обычно 4 вывод. Может ли ШИМ подаватсья на "+" контакт 3pin куллера видеокарты, - вопрос. Если так, то можно смело ставить такой куллер, если там просто меняется напряжение ступеньками, то уже хуже.